Molti sono i tentativi di spiegazione etimologica del nome Gordona: se alcuni pensano ad una possibile derivazione dal celtico Gur-dun (acuto monte), altre ipotesi rimandano a Curtona (grande corte feudale), o ancora a Gurdus (cioè copioso, con allusione all'acqua), se non anche al nome personale Gordus.
La difficoltà di spiegazione è di per sé stessa indice di antichità del nome.
Il territorio del borgo era già un punto strategico in epoca antica. Dopo la conquista romana dei territori alpini, era infatti nei pressi di Gordona che passava l'importante via, detta Francisca, che, dopo aver risalito il Lario, si biforcava verso il passo Spluga ed i passi Julier e Septimer, gioghi attraverso i quali la pianura Padana si collegava alle regioni alpine germaniche.
Dopo la caduta dell'Impero romano, il territorio dell'Italia settentrionale è stato interessato dalle invasioni barbariche delle popolazioni germaniche (i longobardi), che disposero i loro insediamenti nei punti vitali per il controllo delle vie di comunicazione, ma non si preoccuparono mai di una effettiva colonizzazione della montagna.
Con l'Impero carolingio di Carlo Magno si accentuò la diffusione del cristianesimo (che arrivò in Valchiavenna alcuni secoli prima del mille): nacque una nuova forma di organizzazione ecclesiastica, la pieve, o parrocchia, cioè la comunità dei battezzati ad uno stesso fonte battesimale. La pieve aveva il suo centro nella chiesa dove venivano celebrati i battesimi, e dove il popolo si riuniva per la celebrazione delle liturgie festive.
Qui risiedevano e facevano vita comune il sacerdote ed i chierici che lo aiutavano nell'evangelizzazione della popolazione. Ad ogni pieve faceva capo un territorio molto esteso: divennero, oltre che centri religiosi e di culto, vere e proprie circoscrizioni civili, munite di torri e castelli.
Le pievi facevano parte della diocesi di Como.
In questo periodo dovette essere edificata la torre di Segname, nei pressi di Gordona, torre che con la sua posizione strategica aveva soprattutto il compito di vedetta e segnalazione.
Il primo cenno di Gordona si ha nel 1195/1197 in un'investitura di beni feudali concessa dal vescovo di Como Ardizzone ai nobili De Piro, che ricevettero diritti legati a beni e sfruttamento acque da Mezzola fino a Pizzo e a Gordona.

Ancora nel 1205 il vescovo aveva diritti di decima sui mosti di Coloredo e sul vino, castagne, animali e biade a Chiavenna e dal torrente Liro alla Boggia.
A Coloredo di Gordona il vescovo aveva anche una residenza, come dice un documento del 1265, secondo il quale le decime vennero versate direttamente al vescovo "quando fuit Colloredo" , mentre anni dopo era un suo gastaldo che le riceveva a suo nome.
Il 22 settembre 1319 viene nominata per la prima volta la chiesa di Gordona: già a quell'epoca era attiva una comunità cristiana presso il "bel S. Martino".
Inizialmente la chiesa di S. Martino faceva parte della pieve di Samolaco, e successivamente nel '500, dopo la scomparsa di quest'ultima, venne assorbita da quella di S. Lorenzo a Chiavenna
Nel 1335, sebbene il Comune di Gordona appare ormai costituito, pur sempre nell'orbita della vicina Chiavenna, proseguono le investiture feudali di beni posti sul suo territorio: così, il 21 settembre di quell'anno, il vescovo investiva i fratelli Brocchi di 1 pezze di terra a Samolaco e a Gordona. Nel 1340 il vescovo comasco Beltramino Parravicini investiva di un suo feudo lo stesso Comune di Gordona che, in cambio, si impegnava a professare al vescovo dovere di vassallaggio e a fornirgli in caso di bisogno 24 uomini armati.
Nel decennio successivo Gordona diviene addirittura un importante punto strategico dell'apparato difensivo vescovile quando, su ordine del vescovo Bonifacio da Modena, al di sopra del borgo, sul colle di Santa Caterina viene fatto costruire l'omonimo castello, che, vista la sua posizione strategica, permetteva al vescovo il controllo sull'area circostante: Bonifacio voleva controllare soprattutto le strategie del vescovo di Coira, il quale, come lui, era conte feudatario di una delle Tre Leghe, la Caddea di Coira, che fra Tre e Quattrocento costituì con le altre due (la Grigia e quella delle Dieci Giurisdizioni), la Repubblica dei Grigioni.
Se per quanto riguarda l'aspetto spirituale e religioso i rapporti erano di intesa e collaborazione, non fu così per le faccende politiche, per cui un castello in quella posizione era particolarmente utile.
Parzialmente ricostruito dopo un incendio forse scoppiato nel 1525, fu ripristinato negli ultimi due decenni del Cinquecento, e fu reso inservibile durante le guerre del terzo decennio del Seicento.

Nel 1867 si scorgevano ancora i ruderi, che furono successivamente distrutti per permettere l'uso agricolo della zona.
Oggi, del complesso di S. Caterina sopravvive solo la chiesetta, restaurata nel 1974, sulla cui facciata una lapide trecentesca in marmo bianco di Musso testimonia l'opera del vescovo Bonifacio da Modena.
Non si può escludere che pure sulla collina di S. Caterina esistesse un castello o una torre anche prima della metà del XIV secolo. Infatti Beltramino Parravicini, predecessore di Bonifacio da Modena sulla cattedra di Como, nel 1340 investiva di un suo feudo il comune di Gordona, che in cambio si impegnava a professargli dovere di vassallaggio ed a fornirgli, in caso di bisogno, 24 uomini armati, probabilmente nel castello che il suo successore intitolerà a S. Caterina.
Gordona, come tutta la Valchiavenna, nel 1335 era diventata parte dello stato signorile dei Visconti di Milano, entità che nel 1402 riceverà una più precisa organizzazione statuale diventando ducato di Milano.
Nel 1512, con la crisi dello stato milanese, i vicini Grigioni, valicando i passi alpini, occuparono la Valtellina e la Valchiavenna; tre anni dopo le due vallate verranno definitivamente attribuite come loro baliaggi. Anche Gordona quindi, come parte del Contado di Chiavenna, si troverà ad essere soggetta alle Tre Leghe, situazione che all'epoca era detta di sudditanza privilegiata, perché al Contado di Chiavenna erano concessi ampi privilegi di autonomia amministrativa, ed i comuni locali potevano governarsi autonomamente con propri statuti.
In questo periodo il comune di Gordona si trova ad essere uno dei cinque comuni esteriori di Chiavenna, e a detta del cronista Guler von Weineck era "uno dei villaggi più grossi della Contea".
Sempre secondo il cronista era qui attiva una rinomata cava e con la sua pietra si realizzavano tegole vendute poi a Chiavenna e nei paesi vicini.
L'abitato di Gordona come si presenta oggi, può essere fatto risalire ad epoca postmedioevale, tra il '500 ed il '600, in concomitanza con il dominio grigione, cui la Valchiavenna fu soggetta dal 1512 al 1797, con un intervallo di un ventennio nella prima metà del '600.

La comunità di Gordona era ripartita in quattro squadre, ed ognuna di queste si divideva in due quartieri: la prima squadra con i quartieri di Coloredo e Monti di Menarola, la seconda con i quartieri di Cimavilla e Gasparoni, la terza con i quartieri di Ponte e Pendoglia, la quarta con i quartieri di Piazzoli e Scogli. Nel 1755, il quartiere di Monti di Menarola si stacca dal restante della comunità, costituendo un comune autonomo; l'anno successivo, i quartieri di Piazzoli e di Scogli si unificano nell'unico quartiere chiamato della Chiesa o di Fondo. Dal 1756 pertanto, le quattro squadre originarie di Gordona risultano essere costituite dai sei quartieri citati. Questa articolazione della comunità in squadre e quartieri non esprimeva una semplice suddivisione geografica, ma rispondeva altresì ad una precisa peculiarità del comune di Gordona, dove i singoli quartieri corrispondevano ad altrettante piccole comunità, ciascuna con il proprio consigliere, i propri sindicati, il proprio estimo.
I quartieri erano poi suddivisi ulteriormente in liste, a seconda dei nuclei abitativi e della loro collocazione geografica all'interno del quartiere. La comunità era governata dal suo console coadiuvato da un consiglio che, eletto da tutti i capi famiglia, rimaneva in carica un anno.
Il consiglio era formato da otto consiglieri, poi ridotti a sei, ciascuno eletto in rappresentanza del rispettivo quartiere, ed era presieduto dal console.
Il libero ordinamento del Comune di Gordona così articolato e regolato dalla consuetudine, dagli statuti di Chiavenna e dai propri ordini comunali, doveva integrarsi tanto con l'organizzazione politico-amministrativa del contado di Chiavenna nell'autonoma espressione delle proprie funzioni, quanto con la superiore autorità del governo grigione nel contado stesso. Bisogna comunque sottolineare che le funzioni esercitate dal governo grigione nel contado erano eminentemente quelle di controllo e di amministrazione della giustizia, e quindi non si sovrapponevano alla libera organizzazione democratica del contado e delle singole comunità.
Nel 1797 la rivolta contro i Grigioni a favore dell'unione della valle alla Repubblica Cisalpina provocò accesi contrasti, e a Gordona, i fautori della Cisalpina, arrivati appositamente da Chiavenna per arringare la folla, vennero scacciati dalla popolazione locale a bastonate. Successivamente i contrasti vennero appianati, ma in ogni caso, il decreto di Passariano di Napoleone Bonaparte che ordinava definitivamente l'unione incondizionata di Valtellina e Valchiavenna alla Cisalpina, pose fine ad ogni possibile discussione.

Successivamente la storia di Gordona seguì le sorti della valle unita nel 1815 al Regno Lombardo-Veneto; nel 1848 contribuì con la vicina Chiavenna alla rivolta contro gli austriaci nella prima guerra di indipendenza. Nel 1860 con l'unione al neonato Regno d'Italia, Gordona seguì le tappe della storia italiana.
L'economia del paese è sempre stata di tipo agricolo, basata sul lavoro agro-pastorale svolto nel contesto della famiglia contadina.
A partire dai secoli XVII e XVIII Gordona, come tutta la Valtellina e la Valchiavenna, è stata interessata dal fenomeno dell'emigrazione: di particolare rilevanza, per il nostro paese, l'emigrazione a Napoli e Palermo, sia per i riflessi sociali da essa determinati, che per la ricchezza di donazioni degli emigranti (che costituirono la Società Benefattori Napoletani), nei confronti del paese natio.
Frequenti, dall'età napoleonica fino alla seconda guerra mondiale, gli scambi commerciali con la vicina Confederazione Elvetica, che rappresentavano un'alternativa, in montagna, al duro lavoro della terra ed all'emigrazione.
Oggi il territorio montano del comune è stato valorizzato con la realizzazione di una strada carrozzabile che collega il paese alla Val Bodengo.
Il paese poi, si è notevolmente ampliato rispetto al nucleo originario, diventando il luogo idoneo per l'insediamento di importanti aziende a carattere artigianale ed industriale, concentrate per lo più nell'area industriale ubicata a sud di Gordona, nella parte pianeggiante.

Per maggiori info vedi il sito www.comune.gordona.so.it